Europäisches Netzwerk zur Erstellung von Genom-Phänomen-Archiven für den Datenaustausch

Forschungsorganisationen in Europa bauen ein Netzwerk auf, um sensible Gesundheitsdaten über nationale Grenzen hinweg auszutauschen. Das Europäische Genom-Phänomen-Archiv (EGA) hat seine ersten Kooperationsvereinbarungen mit nationalen Knotenpunkten geschlossen, der erste Schritt zur Schaffung eines föderierten Netzwerks für den Austausch von Genomdaten.

Durch die Bereitstellung einer Lösung für die sichere und effiziente Verwaltung von Human-Omics-Daten zielt Federated EGA darauf ab, die Wiederverwendung von Daten zu fördern, die Reproduzierbarkeit zu ermöglichen, die biomedizinische Forschung zu beschleunigen und die menschliche Gesundheit zu verbessern.

Sensible Human-Omics-Daten werden in der Regel von Forschungsinitiativen generiert und über spezialisierte Repositories geteilt, die Dienste für die Übermittlung, Entdeckung und den Zugriff auf Daten bereitstellen. Die EGA ist eine solche Benchmark. Die EGA („Central EGA“) wurde 2008 am European Institute of Bioinformatics of the European Molecular Biology Laboratory (EMBL-EBI) im Vereinigten Königreich gegründet und wird seit 2012 gemeinsam vom EMBL-EBI und dem Centre for Gemic Regulation verwaltet in Spanien.

In vielen Ländern entstehen Programme für personalisierte Medizin, die Daten aus nationalen Initiativen generieren. Diese Programme treiben eine Verlagerung von der forschungsorientierten Humangenomik zur Finanzierung durch das Gesundheitswesen voran. Daten, die im klinischen Kontext generiert werden, unterliegen einer strengeren Governance als Forschungsdaten und müssen den nationalen Datenschutzgesetzen entsprechen.

Um diesen Herausforderungen zu begegnen, stellt die Federated EGA ein Netzwerk verbundener Ressourcen bereit, um die länderübergreifende Entdeckung und den Zugriff auf Human-Omics-Daten für die Forschung zu ermöglichen und gleichzeitig die Datenschutzbestimmungen der Gerichtsbarkeit einzuhalten. Auf diese Weise unterstützt die Federated EGA-Infrastruktur die Ziele europäischer Initiativen wie der 1+ Million Genomes (1+MG)-Initiative, des European Health Data Area und einer Reihe von EU-finanzierten Umsetzungsprojekten 1+MG, darunter Beyond 1 Millionen Genome.

Das Federated EGA besteht aus „Knoten“ – normalerweise national finanziert und betrieben –, die Daten lokal speichern und verwalten und gleichzeitig eine globale Erkennung innerhalb des Federated EGA-Netzwerks ermöglichen. Seit 2016 haben mehrere parallele Bemühungen, unterstützt von ELIXIR und anderen transnationalen und nationalen Initiativen, technische und rechtliche Rahmenbedingungen für die Einrichtung der föderierten EGA geschaffen. Im Jahr 2022 traten die ersten fünf Knoten – Finnland, Deutschland, Norwegen, Spanien und Schweden – offiziell der Federated EGA bei, indem sie Kooperationsvereinbarungen der Federated EGA mit Central EGA unterzeichneten.

Der finnische FEGA-Knoten wird vom CSC – IT Center for Science betrieben und bietet Datenverwaltungsdienste in Übereinstimmung mit den nationalen Gesetzen und den Anforderungen der EU-Datenschutzgrundverordnung (DSGVO). Diese Dienste bieten Tools und Unterstützung für den gesamten Lebenszyklus sensibler Forschungsdaten, von der Erhebung über die Analyse, Veröffentlichung und autorisierte Weiterverwendung. Die Entwicklung der Dienste war eine gemeinsame Anstrengung mit den anderen nordischen Knoten innerhalb der NeIC-Projekte Tryggve und Heilsa und wurde vom finnischen Ministerium für Bildung und Kultur und von ELIXIR Finland koordinierten Projekten finanziert. Erfahren Sie mehr über die Unterzeichnung der finnischen FEGA.

Das Deutsche Humangenom- und Phänomenarchiv (GHGA) ist bestrebt, eine nationale Infrastruktur sowie einen ethischen und rechtlichen Rahmen bereitzustellen, der die Nutzung von FAIR-Omics-Daten und die Datenschutzanforderungen für Deutschland in Einklang bringt. Als gesamtdeutsches, von der Deutschen Forschungsgemeinschaft gefördertes Konsortium unter dem Dach des NFDI-Vereins bündelt die GHGA die Expertise von 21 Universitäten und Forschungsinstituten zu einer föderierten nationalen Infrastruktur. Erfahren Sie mehr über die GHGA-Signatur.

In Norwegen sind die Sensitive Data Service (TSD)-Dienste, die von USIT an der Universität Oslo angeboten werden, ein wichtiger Teil der Infrastruktur. Der EGA Norway Federated Node wird von ELIXIR Norway entwickelt und von der Universität Oslo als verantwortlicher juristischer Person betrieben. Die grundlegenden Softwaremodule werden gemeinsam mit den anderen nordischen Knoten in den Projekten NeIC Tryggve und Heilsa entwickelt. Lesen Sie mehr über die Unterschrift von FEGA Norwegen.

Die spanische FEGA (es-FEGA) ist ein nationaler Speicherdienst für sensible biomedizinische Daten in Spanien. Unterstützt vom Spanischen Institut für Bioinformatik (INB) in Zusammenarbeit mit Central EGA werden sensible Forschungsdatensätze hauptsächlich in den Einrichtungen des Barcelona Supercomputing Center untergebracht.

Das Swedish Sensitive Data Archive ist eine sichere Datenarchivierungs- und -freigabeplattform für sensible Datensätze. Es wurde von der National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS) in Zusammenarbeit mit anderen nordischen ELIXIR-Knoten im Rahmen der von NeIC finanzierten Tryggve- und Heilsa-Projekte entwickelt und über ELIXIR mit Central EGA koordiniert. Erfahren Sie mehr über die Unterzeichnung des schwedischen Knotens.

Mareike Engel

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